Sein Vater Jacob war 1577 in Lügde Kaplan und Schulmeister. Johannes Gigas wurde 1582 in Lügde geboren, studierte in Helmstedt und Wittenberg Medizin und Mathematik, bevor er 1601 an die Universität Basel wechselte, wo er am 29. November 1603 zum Doktor der Medizin promovierte.
In den nächsten 12 Jahren wohnt Johannes Gigas in Burgsteinfurt. Hier wirkte er zunächst als Leibarzt und Prinzenerzieher bei dem Grafen Bentheim-Tecklenburg-Steinfurt-Limburg. Schon bald wurde der Mediziner, sicherlich durch seine universale Bildung, zum Professor der Mathematik und Physik der Hohen Schule in Burgsteinfurt berufen.
Ende Februar 1616 verließ Gigas mit seiner Frau Maria sowie seinen vier Söhnen und vier Töchtern Burgsteinfurt und zog nach Münster in das Stadthaus der Grafen von Bentheim. Er tritt in den Dienst Ferdinands von Bayern. Dieser ist als Erzbischof von Köln, Bischof von Münster, Lüttich, Hildesheim, und Paderborn ein Vertreter der Gegenreformation. Als sein Leibarzt schließt sich auch Gigas dem katholischen Glauben an.
Schon während seines Studiums in Helmstedt interessiert sich Gigas für die Kartographie. Bereits 1616 erscheint eine von ihm angefertigte Schaukarte vom Bistum Münster. 1617, wahrscheinlich kurz nach der Beerdigung seines Vaters in Lügde, fertigt er eine Federzeichnung der Grafschaft Pyrmont mit dem Amt Lügde an. Hier wird von ihm die erst 1668 erfolgte Teilung der Grafschaft in seinen Grenzen eingezeichnet. Gigas widmet sich nun sehr intensiv seinem „Hobby“, dem Erstellen weiterer Karten. Im Jahre 1620 wird von ihm der „Prodomus geographicus“, auch Kölner Atlas genannt, herausgegeben. Der Atlas enthielt von Gigas gezeichnete Gebietskarten, u.a. Karten des kurkölnischen Westfalen, Westfalen, Paderborn, vom Bistum Münster sowie von Corvey. Weitere von ihm angefertigte Karten sind die besagten vom Bistum Hildesheim und Osnabrück. 1637 stirbt Johannes Gigas in Münster.